### R代码来自Vignette Source'plotting.rnw'########################################################## ###代码块数字1：plotting.rnw：5-6 ##########################################################################################-64 ############################# require（genominator）选项（verbose = false）n <-100000＃观测数。k <-100＃注释区域的数量，不少于10 df <-data.frame（chr = sample（1:16，size = n，size = n，replact = true），位置=示例（1：1000，size = n，替换= true），strand = sample（c（1l，-1l），size = n，替换= true））edata <-crentegateExpData（importToToExpData（df，dbfileName =“ pmy.db”，pmy.db“，pmy.db”，perpRite = true，true，tablename = tablename = tablename = tableName =“ ex_tbl”））annodata < - data.frame（chr = sample（1:16，size = k，替换= true），strand = sample（c（1，-1），size = k，replact = k，replact = true），，start =（st < - sample（1：1000，size = k，替换= true）），end = st + rpois（k，75），特征= c（“ gene”，“ intermenic”）[sample（1：1：2，size = k，替换= true）]））ROWNAMES（annodata）< - 粘贴（“ elt”，1：k，sep =“。”）##############################################################################＃rp < - genominator ::: makeregionplotter（list（“ track.1” = list（expdata = eData，what =“ counts”））））args（rp）#####################################################：plotting.rnw：74-75 ######################################################## rp（1，10，1000）################################### ### code chunk number 5: plotting.Rnw:82-85 ################################################### rp <- Genominator:::makeRegionPlotter(list("track.1" = list(expData = eData, what = "counts", dp = DisplayPars(lwd = .45, color = "grey")))) rp(1, 400, 500) ################################################### ### code chunk number 6: plotting.Rnw:93-103 ################################################### annoFactory <- Genominator:::makeAnnoFactory(annoData, featureColumnName = "feature", groupColumnName = NULL, idColumnName = NULL, dp = DisplayPars("gene" = "blue", "intergenic" = "green")) rp <- Genominator:::makeRegionPlotter(list("track.1" = list(expData = eData, what = "counts", dp = DisplayPars(lwd=.2, color = "grey")), "track.2" = list(expData = eData, what = "counts", fx = log2, DisplayPars(lwd=.3, color = "black"))), annoFactory = annoFactory) rp(annoData[1,"chr"], annoData[1, "start"] - 100, annoData[1, "end"] + 100) ################################################### ### code chunk number 7: plotting.Rnw:113-127 ################################################### require("biomaRt") mart <- useMart("ensembl", dataset = "scerevisiae_gene_ensembl") annoFactory <- Genominator:::makeAnnoFactory(mart, chrFunction = function(chr) as.roman(chr)) load(system.file("data", "chr1_yeast.rda", package = "Genominator")) head(chr1_yeast) yData <- importToExpData(chr1_yeast, dbFilename = "my.db", tablename = "yeast", overwrite = TRUE) rp <- Genominator:::makeRegionPlotter(list("track.-" = list(expData = yData, what = c("mRNA_1", "mRNA_2"), fx = rowMeans, strand = -1, dp = DisplayPars(lwd=.3, color = "grey"))), annoFactory = annoFactory) rp(1, 20000, 50000) ################################################### ### code chunk number 8: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())