# # # R代码从装饰图案的LMGene来源。Rnw“# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块1号:LMGene。Rnw: 49-52 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #库(LMGene)库(Biobase)库(工具)# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块2号:LMGene。Rnw: 56-57 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #数据(来)# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块3号:LMGene。Rnw: 62 - 67 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # slotNames(来)暗(exprs(来))exprs(来)[1:3,]phenoData(来)slotNames (phenoData(来))# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块数量4:LMGene。Rnw: 79 - 83 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # (sample.mat)暗(sample.mat)数据(vlist) vlist # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块5号:LMGene。Rnw: 87 - 89 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #测试中< -(样本。垫,vlist)类(测试中)# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块6号:LMGene。Rnw: 103 - 105 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # tranpar < - tran(来)tranpar # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块7号:LMGene。Rnw: 112 - 114 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # tranpar < - tran(样本。eS, 100) tranpar # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块8号:LMGene。Rnw: 124 - 128 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # trsample。eS < -反式(样本。美元,tranparλ,tranparα)美元exprs(来)(1:3,1:8)exprs (trsample.eS)(1:3, 1:8) # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块9号:LMGene。Rnw: 136 - 138 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # tranparmult < - tran(样本。eS,乘= TRUE) tranparmult # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块10号:LMGene。Rnw: 143 - 145 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # trsample。eS < -反式(样本。美元,tranparmultλ,tranparmultα)美元exprs (trsample.eS)(1:3, 1:8) # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #代码块11号:LMGene。Rnw: 150 - 152 # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # tranparmult < - tran(样本。eS, ngenes=100, mult=TRUE, lowessnorm=TRUE) tranparmult ################################################### ### code chunk number 12: LMGene.Rnw:158-160 ################################################### tranpar <- tranest(sample.eS, model='patient + dose + patient:dose') tranpar ################################################### ### code chunk number 13: LMGene.Rnw:178-180 ################################################### trsample.eS <- transeS (sample.eS, tranparmult$lambda, tranparmult$alpha) ntrsample.eS <- lnormeS (trsample.eS) ################################################### ### code chunk number 14: LMGene.Rnw:186-187 ################################################### sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS) ################################################### ### code chunk number 15: LMGene.Rnw:192-193 ################################################### sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS,level=.01) ################################################### ### code chunk number 16: LMGene.Rnw:202-204 ################################################### sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS, model='patient+dose+patient:dose') sigprobes