### R代码来自Vignette源'ogsausersmanual.rnw'######################################################################################表型）<-colnames（CNV）taillrl <-c（'左'，'右'，'左'）tailrlr <-c（'右'，''，'左'，'右'）偏移<-c（1.0，0.1，0.1，0.5）数据集< - 列表（Expr，Meth，CNV）############################################################ ###代码块数字2：进程基因集#########################################################<-copaint（数据集，表型，尾巴= Taillrl，corr = true），corr = true）gstibrlr <-testgscogps（tibrlr，pathgs）gstibrlcorr <-testgscogps（tibrlrcorr，pathgs）ranklrll<-copaint（数据集，表型，尾巴= taillrl，method ='rank'）ranklrlcorr < - copaint（数据集，表型，tails，tails = taillrl，方法='rank'，corr = true，corr = true，offsets = offsets = offsets = offsets）ranklrl，pathgs）gsranklrlcorr <-testgscogps（ranklrlcorr，pathgs）rankrlr < - copaint（dataSet，phatotype，tails = parrlr，method ='stark'rank'），corr = true，offsets = offset）gsrankrlr <-testgscogps（rankrlr，pathgs）gsrankrlrcorr <-testgscogps（rankrlrcorr，pathgs）########################################################################= c（'expr'，'meth'，'cnv'），尾巴= taillrl，corr = true，offsets = offsets）uterankrrcorr < - OutCallrank（dataset，dataset，phinotype，names = c（'expr'expr'，'meth'，'meth'，'，''，''，''，''，''，''，'CNV'),tail=tailRLR, corr=TRUE,offsets=offsets) print("Corrected Rank Outliers Calculated") outTibLRL <- outCallTib(dataSet, phenotype, names=c('Expr','Meth','CNV'),tail=tailLRL) outTibRLR <- outCallTib(dataSet, phenotype, names=c('Expr','Meth','CNV'),tail=tailRLR) print("Tibshirani-Hastie Outliers Calculated") pdgfB <- pathGS$'BIOCARTA_PDGF_PATHWAY' map1 <- outMap(outTibLRL,pdgfB,hmName='BC_PDGF_TIB.pdf', plotName='PDGF Outlier T-H LRL Calls') ecmK <- pathGS$'KEGG_ECM_RECEPTOR_INTERACTION' map4 <- outMap(outRankRLRcorr,ecmK,hmName='KEGG_ECM_RANKcorr.pdf', plotName='ECM Outlier Corr Rank RLR Calls')