### R代码从vignette源的affypdnn。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:引用 ################################################### 引用(包= " affypdnn ") ################################################### ### 代码块2号:init ################################################### 库(affypdnn ) ################################################### ### 代码块3号:afbatch ################################################### 库(affydata)数据(稀释)afbatch < -稀释 ################################################### ### 代码块数量4:hgu95av2Params ################################################### 数据(hgu95av2.pdnn.params)参数。芯片类型<- hgu95av2.pdnn。参数个数 ################################################### ### 代码块5号:energyFiles ################################################### dir(系统。文件(“exampleData”,包= " affypdnn ")) ################################################### ### 代码块6号:experimentSpecific ################################################### 数据(”参数。稀释"，package="affypdnn") params <- params。稀释rm (params.dilution ) ################################################### ### 代码块7号:pmLevel ################################################### ppset.name < - c(“41206 _r_at”、“31620”_at) ppset < probeset (afbatch ppset.name ) ################################################### ### 代码块8号:pmLevelPlot ################################################### 票面价值(mfrow = c(2, 2))(我在1:2){探针。PDNN <- pmcorrect。Pdnnpredict (ppset[[i]]]，参数，参数。芯片类型=参数。chiptype) plot(ppset[[i]], main=paste(ppset.name[i], "\n(raw intensities)")) matplotProbesPDNN(probes.pdnn, main = paste(ppset.name[i], "\n(predicted intensities)")) } ################################################### ### code chunk number 9: expressopdnn ################################################### ids <- ls(getCdfInfo(afbatch))[1:10] eset <- expressopdnn(afbatch, bg.correct = FALSE, normalize = FALSE, findparams.param = list(params.chiptype = params.chiptype, give.warnings=FALSE), summary.subset=ids)