### R代码来自Vignette Source'CagoPromoter.rnw'###编码：UTF-8 ################################################################## ###代码块数字1：设置###########################################################################################：bioc（eval = false）###########################################################################################代码块数字3：libpcagopomoter（eval = false）############################################################### ##图书馆（“ PCAGOPROMOTER”）###############################################################################（SerumStimulation）########################################## ### code Chunk数字5：组（eval = false）########################################################）##组####################################################### ###代码块数字6：fig1（eval = false）################################################################################################################################## pcaoutput <-pca（血清刺激）######################## ###代码块编号8：FIG2（eval = false）#################################################################################################### ### code chunk number 9: probeIds (eval = FALSE) ################################################### ## loadsNegPC2 <- getRankedProbeIds( pcaOutput, pc=2, decreasing=FALSE )[1:1365] ################################################### ### code chunk number 10: GOtree (eval = FALSE) ################################################### ## GOtreeOutput <- GOtree( input = loadsNegPC2) ################################################### ### code chunk number 11: fig3 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(GOtreeOutput,legendPosition = "bottomright") ################################################### ### code chunk number 12: copyToPdf (eval = FALSE) ################################################### ## dev.copy2pdf(file="GOtree.pdf") ################################################### ### code chunk number 13: printGOtree (eval = FALSE) ################################################### ## head(GOtreeOutput$sigGOs,n=10) ################################################### ### code chunk number 14: printPrimo (eval = FALSE) ################################################### ## TFtable <- primo( loadsNegPC2 ) ## head(TFtable$overRepresented) ################################################### ### code chunk number 15: printPrimeHits (eval = FALSE) ################################################### ## probeIds <- primoHits( loadsNegPC2 , id = 9343 ) ## head(probeIds)