# #——风格,呼应= FALSE,结果=“黑名单”,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(整齐= FALSE,消息= FALSE) # #——回声= FALSE,结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(“BiocStyle”) BiocStyle::减价()# #——回声= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppressPackageStartupMessages(库(“proteoQC”)) suppressPackageStartupMessages(库(“R.utils”)) # # - - - - - eval = TRUE,警告= FALSE,错误= FALSE,缓存= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(rpx) px <——PXDataset (PXD000864) px # #——pxfiles,警告= FALSE,错误= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(pxfiles (px))的尾巴(pxfiles (px)) # # - - - - - eval = TRUE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - mgfs < - grep (“mgf pxfiles (px)值= TRUE) mgfs <——grep (“0 [5 - 6] - [1 | 2]”, mgfs,价值= TRUE) mgfs # # - - - - - eval = FALSE,缓存= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # mgffiles < - pxget (px, mgfs) #库(R.utils) # mgffiles < -酸式焦磷酸钠(mgffiles gunzip) # #——回声= FALSE, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # # #生成轻量级的质检报告,# # #修剪mgf文件大小的1/10。# # trimMgf < -函数(f m = 1/10,覆盖= FALSE){#消息(“阅读”,f) # x < - readline (f) #求< - grep(“离子”开始,x) #结束< - grep(“离子终结”,x) # n < -长度(求)#消息(“子集”,米)#我< -(样本(n,地板(n * m))) # k < - unlist (mapp (seq,从=求[我]=结束[我]))#如果(覆盖){#拆开(f) #消息(“写作”的时候,f) # writeline (x [k],反对= f) #返回(f) #} {# g < -子(”。mgf”、“_small。mgf”, f) #消息(“写作”的时候,g) # writeline (x [k],反对= g) #返回(g) #} #} # # set.seed (1) # mgffiles < -酸式焦磷酸钠(mgffiles trimMgf,覆盖= TRUE) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # fas < - pxget (px, TTE2010.zip) # fas < -解压缩(fas) # fas # # - - - - - eval = FALSE,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # # # # #代码重新生成设计文件示例< -代表(c(“55”,“75”),每个= 4)# techrep < -代表(1:2,4)# biorep < -代表(1,长度(mgffiles)) #压裂< -代表((代表(5:6,每个= 2)),2)# des < - data.frame(文件= mgffiles #样品=样本,# biorep = biorep techrep = techrep #分数=压裂,# row.names = NULL) # #写。表(des, 9 = " ", row.names = FALSE, #报价= FALSE, #文件= " . . /本月/ extdata / PXD000864-design.txt”) # # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -设计< -执行(“extdata / PXD000864-design。txt”,包= " proteoQC”)设计阅读。表(设计、标题= TRUE) # # - - - - - eval = FALSE,整洁= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #查收我们< - msQCpipe (spectralist =设计# fasta = fas, # outdir = "。/ qc”, # = 0,小姐#酶= 1,varmod = 2, fixmod = 1, # tol = 10, itol = 0.6, cpu = 2, #模式=“识别”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - zpqc < -执行(“extdata / qc。邮政”,包= " proteoQC”)解压缩(zpqc)查收我们< - loadmsQCres (“。/ qc”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -打印(查收我们)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - showMods消息= FALSE () # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - html < - reportHTML消息= FALSE(查收我们)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - html <——reportHTML (“。/ qc”) # # - - - - - eval = FALSE,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # # #删除这些文件非常大的# # #但这优惠reportHTML(查收我们),尽管#拆开(“。/ qc /数据库/ target_decoy.fasta”) #拆开(”。/ qc /结果/ * _xtandem.xml”) #拆开(“. . /本月/ extdata / qc.zip”) #拉链(“. . /本月/ extdata / qc。zip”、“。/ qc”) # #——fig.width = 6,无花果。身高= 5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pep。zip < -执行(“extdata / pep。邮政”,包= " proteoQC”)解压缩(pep.zip) proteinGroup(文件= " pep。txt”,输出文件= " pg.txt”) # #——警告= FALSE,缓存= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - mgf。zip < -执行(“extdata / mgf。邮政”,包= " proteoQC”)解压缩(mgf.zip) < - labelRatio(“测试。mgf",reporter = 2) ## ----cache=TRUE---------------------------------------------------------- library(dplyr) library(plotly) mgf.zip <- system.file("extdata/mgf.zip", package = "proteoQC") unzip(mgf.zip) charge <- chargeStat("test.mgf") pp <- plot_ly(charge, labels = ~Charge, values = ~Number, type = 'pie') %>% layout(title = 'Charge distribution', xaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE), yaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE)) pp ## ----echo=FALSE---------------------------------------------------------- sessionInfo()