### R代码来自Vignette Source'srap.rnw'###编码：UTF-8 ################################################################ ###代码块数字1：InputVariables ##############################################################=“ srap”）expression.table <-file.path（dir，“ miseq_cufflinks_genes_truncate.txt”）sample.table <-file.path（dir，“ miseq_sample_description.txt”< - “ miseq” ####################################################### ###代码块编号2：归一化####################################################################################################################QC（sample.table，expression.mat，project.name，project.folder，plot.legend = f，color.palette = c（“绿色”，“橙色”））############################################fexpression ############################ stat.table <-rna.deg（sample.table，expression.mat，project.name，project.folder，box.plot = false，ref.group = t，ref = t，ref =“ scramble”，method =“ aov”，color.palette = c（“绿色”，“橙色”））########################################################### ###代码块数字5：bdfunc ##########################################################(stat.table, plot.flag=FALSE, project.name, project.folder, species="human") RNA.bdfunc.signal(expression.mat, sample.table, plot.flag=FALSE, project.name, project.folder, species="human")