snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38

doi:10.18129/b9.bioc.snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38

HOMO SAPIENS的SNP位置(DBSNP构建149)

生物导体版本:3.10

从NCBI DBSNP构建中提取的HOMO SAPIENS的SNP位置和等位基因149.该软件包使用的源数据文件是由NCBI在2016年11月8日至2日之间创建的,并包含映射的SNP,用于参考Genome Grch38.p7(GRCH38的修补版本这不会改变染色体1-22,x,y,mt)。请注意,这些SNP可以“注入” bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38或bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38中。

作者:HervéPagès

维护者:fredhutch.org上的H.pagès

引用(从r内,输入引用(“ snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

PDF 参考手册

细节

生物浏览 AnnotationData,,,,遗传学,,,,homo_sapiens,,,,snplocs
版本 0.99.20
执照 艺术2.0
要看 BSGENOME(> = 1.43.4)
进口 方法,utils,生物基因,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,BSGENOME
链接
建议 生物弦,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38
系统要求
增强
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取决于我
进口我
建议我 mafdb.1kgenomes.phase1.grch38,,,,mafdb.1kgenomes.phase3.grch38,,,,mafdb.esp6500si.v2.ssa137.grch38,,,,mafdb.exac.r1.0.grch38,,,,mafdb.exac.r1.0.nontcga.grch38,,,,mafdb.gnomad.r2.1.grch38,,,,mafdb.gnomad.r3.0.grch38,,,,mafdb.gnomadex.r2.1.grch38,,,,mafdb.topmed.freeze5.hg38
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包装档案

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源包 snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38_0.99.20.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(El Capitan)
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38/
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