此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅hdcytodata。
生物导体版本:3.10
包含一组公开可用的高维细胞仪基准数据集的数据包,格式为SummarizedExperiment和Flowset Bioconductor对象格式,包括所有必需的元数据。行元数据包括样本ID,组ID,患者ID,参考细胞总体或群集标签(如果可用的地方),以及标记“在”单元格中识别“尖峰”的标签(如果可用的地方)。列元数据包括通道名称,蛋白质标记名称和蛋白质标记类(细胞类型或细胞状态)。
作者:Lukas M. Weber [AUT,CRE],Charlotte Soneson [AUT]
维护人员:lukas M. Weber
引用(从r内,输入引用(“ hdcytodata”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ hdcytodata”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ hdcytodata”)
html | R脚本 | 1. HDCYTODATA软件包 |
html | R脚本 | 2.示例和用例 |
html | R脚本 | 3.贡献指南 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | 实验数据,,,,实验室,,,,表达数据,,,,流环元素数据,,,,homo_sapiens_data,,,,ImmunooncologyData,,,,Singlecelldata |
版本 | 1.6.6 |
执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
要看 | 实验室,,,,总结性特征,,,,流核 |
进口 | UTILS,方法 |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,RTSNE,,,,UMAP,,,,GGPLOT2,,,,流动,,,,mclust,,,,diffcyt |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/lmweber/hdcytodata |
BugReports | https://github.com/lmweber/hdcytodata/issues |
取决于我 | CytofworkFlow |
进口我 | |
建议我 | diffcyt |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | hdcytodata_1.6.6.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hdcytodata |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/hdcytodata |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/hdcytodata/ |
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