pasilla

DOI:10.18129 / B9.bioc.pasilla

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见pasilla．

布鲁克斯等人，基因组研究2011年，Pasilla敲除RNA-seq样本的每个外显子和每个基因读取计数数据包。

Bioconductor版本:3.10

该软件包提供了从RNA-seq数据中选择的基因计算的每个外显子和每个基因读计数，这些数据来自Brooks an, Yang L, Duff MO, Hansen KD, Park JW, Dudoit S, Brenner SE, Graveley BR, Genome Res. 2011年2月;21(2):191 -202,Epub 2010年10月4日，PMID: 20921232。本实验研究了哺乳动物NOVA1和NOVA2的同源果蝇Pasilla的RNAi敲除对转录组的影响。包小插图描述了这里提供的数据是如何从NCBI基因表达Omnibus在登录号GSM461176到GSM461181下提供的RNA-Seq读取序列数据推导出来的。

作者:沃尔夫冈·胡贝尔，亚历杭德罗·雷耶斯

维护者:Alejandro Reyes < Alejandro . Reyes。在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“pasilla”)

超文本标记语言	R脚本	数据预处理和创建数据对象pasillaGenes和pasillaExons
PDF		参考手册

细节

biocViews	Drosophila_melanogaster_Data，ExperimentData，基因组，RNASeqData
版本	1.14.0
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.3.0)
进口
链接
建议	DEXSeq，rmarkdown，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	blacksheepr
建议我	贝德，DESeq，DESeq2，DEXSeq，EnhancedVolcano，genefilter，IHWpaper，pasillaBamSubset，regionReport，ReportingTools
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	pasilla_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pasilla
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pasilla
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pasilla/
软件包下载报告	下载数据