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Bioconductor工作流程包
Bioconductor版本:3.10
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| 注释 | Bioconductor Package维护者 | 基因组注释资源 |
| 数组 | Bioconductor Package维护者 | 利用生物导体进行微阵列分析 |
| BgeeCall | 朱利安Wollbrett | 自动RNA-Seq存在/缺失基因表达呼叫生成 |
| BiocMetaWorkflow | 迈克•史密斯 | BioC Workflow发布BioC工作流 |
| CAGEWorkflow | 马尔特Thodberg | 一步一步的指南，分析笼数据使用R/Bioconductor |
| chipseqDB | 亚伦Lun | 在ChIP-seq数据中检测差异结合的生物导体工作流程 |
| csawUsersGuide | 亚伦Lun | csaw用户指南 |
| cytofWorkflow | 马格达雷娜Nowicka | CyTOF工作流程:高通量高维细胞术数据集的差异发现 |
| EGSEA123 | 马修·里奇 | 简单有效的集成基因集检测与EGSEA |
| eQTL | 文森特·凯里 | 使用Bioconductor GGtools 5.x进行云支持的顺式eqtl搜索 |
| ExpressionNormalizationWorkflow | Karthikeyan Murugesan | 基因表达规范化工作流程 |
| generegulation | Bioconductor Package维护者 | 通过序列匹配寻找已知转录因子的候选结合位点 |
| highthroughputassays | Bioconductor Package维护者 | 使用生物导体进行高通量测定 |
| liftOver | Bioconductor Package维护者 | 使用rtracklayer:: lifover改变基因组坐标系统 |
| maEndToEnd | 斯蒂芬妮Reisenauer | 使用Affymetrix微阵列进行差异基因表达的端到端工作流程 |
| methylationArrayAnalysis | Jovana Maksimovic | 用于分析甲基化阵列数据的跨封装Bioconductor工作流程。 |
| 蛋白质组学 | 劳伦特与 | 质谱和蛋白质组学数据分析 |
| recountWorkflow | 莱昂纳多Collado-Torres | 重新计数工作流程:使用Bioconductor访问超过70,000个人类RNA-seq样本 |
| RNAseq123 | 马修·里奇 | 使用limma, Glimma和edgeR, RNA-seq分析简单如1-2-3 |
| rnaseqDTU | 迈克尔的爱 | 鲑鱼定量后差异转录物使用的RNA-seq工作流程 |
| rnaseqGene | 迈克尔的爱 | RNA-seq工作流程:基因水平探索性分析和差异表达 |
| RnaSeqGeneEdgeRQL | Yunshun陈 | 使用Rsubread和edgeR准似然管道进行基因水平RNA-seq差异表达和途径分析 |
| 测序 | Bioconductor Package维护者 | 序列数据生物导体导论 |
| simpleSingleCell | 亚伦Lun | 一步一步的工作流程，单细胞RNA-seq数据的低水平分析与Bioconductor |
| SingscoreAMLMutations | Dharmesh D. Bhuva | 利用singscore从转录组特征预测AML的突变 |
| TCGAWorkflow | 蒂亚戈·切德拉维·席尔瓦 | 使用Bioconductor软件包分析癌症基因组学和表观基因组学数据 |
| 变体 | Bioconductor Package维护者 | 注释基因组变体 |
包»
Bioconductor的稳定的半年度版本:
Bioconductor（R）版本：
- 3.10 (3.6)
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- 2.6 (2.11)
- 2.5 (2.10)
- 2.4 (2.9)
- 2.3 (2.8)
- 2.2 (2.7)
- 2.1 (2.6)
- 2.0 (2.5)
- 1.9 (2.4)
- 1.8 (2.3)
- 1.7 (2.2)
- 1.6 (2.1)
释放公告．
