BgeeCall

DOI:10.18129 / B9.bioc.BgeeCall

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BgeeCall。

自动RNA-Seq礼物/缺失基因表达调用生成

Bioconductor版本:3.10

生成的参考基因间区域Bgee RNA-Seq管道。这些基因间区域用于生成所有Bgee RNA-Seq /缺席表达式调用。BgeeCall现在允许生成/没有要求任何RNA-Seq图书馆只要参考基因间序列生成相应的物种。现在/缺席表达式的阈值不再是任意定义但计算基于表达式的RNA-Seq Bgee库集成。

作者:朱利安Wollbrett (aut (cre),朱利安Roux (aut),萨拉丰哥(施),马克·罗宾逊Rechavi[所有],弗雷德里克·巴斯蒂安·(aut)

维护人员:朱利安Wollbrett <朱利安。在unil.ch wollbrett >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BgeeCall”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BgeeCall”)

HTML	R脚本	自动RNA-Seq礼物/缺失基因表达调用生成
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,RNASeq,软件,工作流
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	GenomicFeatures,rhdf5,tximport,Biostrings,rtracklayer,biomaRt,jsonlite、方法、grDevices图形、统计、跑龙套
链接
建议	knitr,testthat,rmarkdown,AnnotationHub,httr
SystemRequirements	kallisto
增强了
URL	https://github.com/BgeeDB/BgeeCall
BugReports	https://github.com/BgeeDB/BgeeCall/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	BgeeCall_1.2.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BgeeCall
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BgeeCall
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BgeeCall/
包下载报告	下载数据