maEndToEnd

DOI:10.18129 / B9.bioc.maEndToEnd

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见maEndToEnd

使用Affymetrix微阵列进行差异基因表达的端到端工作流程

Bioconductor版本:3.10

在本文中,我们将使用Bioconductor包实现端到端Affymetrix微阵列差分表达工作流。该工作流程直接适用于当前的“Gene”类型阵列,例如HuGene或MoGene阵列,但可以很容易地适用于类似的平台。这里分析的数据是一个典型的临床微阵列数据集,比较了两种疾病亚型的炎症和非炎症结肠组织。对于每种疾病,分析了炎症和非炎症结肠组织之间的差异基因表达。我们将从原始数据CEL文件开始,展示如何将它们导入到Bioconductor ExpressionSet中,执行质量控制和标准化,最后进行差异基因表达(DE)分析,然后进行一些富集分析。

作者:Bernd Klaus [aut], Stefanie Reisenauer [cre, aut]

维护者:Stefanie Reisenauer

引文(从R内,输入引用(“maEndToEnd”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("maEndToEnd")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“maEndToEnd”)

超文本标记语言 R脚本 使用Affymetrix微阵列进行差异基因表达的端到端工作流程
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionWorkflow工作流
版本 2.6.1
许可证 麻省理工学院
取决于 R (>= 3.5.0),BiobaseoligoClassesArrayExpresspd.hugene.1.0.st.v1hugene10sttranscriptcluster.db益生元arrayQualityMetricslimmatopGOReactomePAclusterProfilergplotsggplot2geneplotterpheatmapRColorBrewerdplyrtidyrstringrmatrixStatsgenefilteropenxlsxRgraphviz
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建议 BiocStyleknitrdevtoolsrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL //www.andersvercelli.com/help/workflows/
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 maEndToEnd_2.6.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/maEndToEnd
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/maEndToEnd
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/maEndToEnd/
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