rnaseqDTU

DOI:10.18129 / B9.bioc.rnaseqDTU

这个包是版本3.10的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见rnaseqDTU。

鲑鱼定量后差异转录物使用的RNA-seq工作流程

Bioconductor版本:3.10

鲑鱼定量后差异转录物使用(DTU)的RNA-seq工作流。该工作流程使用Bioconductor软件包ximport, DRIMSeq和DEXSeq对模拟数据进行DTU分析。它还展示了如何使用stageR进行DTU的两阶段测试，这是一个在基因水平上进行筛选的统计框架，然后确认哪些重要基因中的转录本显示DTU的证据。

作者:Michael Love [aut, cre]， Charlotte Soneson [aut]， Rob Patro [aut]

维护者:Michael Love

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rnaseqDTU")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“rnaseqDTU”)

超文本标记语言

R脚本

鲑鱼定量后差异转录物使用的RNA-seq工作流程

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，工作流
版本	1.6.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，DRIMSeq，DEXSeq，经验丰富的人，DESeq2，刨边机，rafalib，devtools
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/rnaseqDTU/
这取决于我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	rnaseqDTU_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqDTU
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/rnaseqDTU
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/rnaseqDTU/
软件包下载报告	下载数据