CNVfilteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVfilteR

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CNVfilteR．

通过SNV调用识别CNV调用工具的误报

Bioconductor版本:3.11

CNVfilteR识别那些可以通过使用通常在普通NGS管道中获得的单核苷酸变异(SNV)调用而丢弃的cnv。

作者:Jose Marcos Moreno-Cabrera 和Bernat Gel

维护者:Jose Marcos Moreno-Cabrera

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CNVfilteR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CNVfilteR”)

超文本标记语言	R脚本	CNVfilteR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DNASeq，DataImport，测序，软件，可视化
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (R-3.6)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6)
进口	IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment，pracma，地区，为了，karyoploteR，CopyNumberPlots,图形,跑龙套,VariantAnnotation，Rsamtools，GenomeInfoDb，Biostrings、方法
链接
建议	knitr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR
BugReports	https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CNVfilteR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	CNVfilteR_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CNVfilteR_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVfilteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVfilteR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CNVfilteR/
包下载报告	下载数据