此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CancerMutationAnalysis.
Bioconductor版本:3.11
该软件包实现了癌症体细胞突变研究的基因和基因集水平分析方法。基因水平的方法区分驱动基因(在肿瘤发生中起积极作用)和乘客基因(在肿瘤样本中突变,但在肿瘤发生中没有作用),并纳入两阶段研究设计。基因集方法实现了一种面向患者的方法,该方法为每个样本计算基因集得分,然后在整个样本中组合它们;还提供了使用Wilcoxon检验的基因导向方法进行比较。
作者:乔瓦尼·帕尔玛吉亚尼,西米娜·m·博卡
维护者:Simina M. Boca
引文(从R内,输入引用(“CancerMutationAnalysis”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CancerMutationAnalysis")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“CancerMutationAnalysis”)
R脚本 | CancerMutationAnalysisTutorial | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 遗传学,软件 |
版本 | 1.30.0 |
在Bioconductor | BioC 2.10 (R-2.15)(8.5年) |
许可证 | GPL(>= 2) +文件许可证 |
取决于 | R (>= 2.10.0),qvalue |
进口 | AnnotationDbi,limma、方法、统计 |
链接 | |
建议 | KEGG.db |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | CancerMutationAnalysis_1.30.0.tar.gz |
Windows二进制 | CancerMutationAnalysis_1.30.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | CancerMutationAnalysis_1.30.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CancerMutationAnalysis |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CancerMutationAnalysis |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/CancerMutationAnalysis/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
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