DEComplexDisease

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEComplexDisease

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DEComplexDisease．

一种基于双聚类分析的复杂疾病的差异表达分析和DEGs调查工具

Bioconductor版本:3.11

它的目的是寻找复杂疾病的差异表达基因(DEGs)，其特征是异质性的基因组表达谱。与现有的DEG分析工具不同，它不假设复杂疾病的患者具有共同的DEG。通过应用双聚类算法，DECD可以发现尽可能多的患者共享的deg。这样，DECD以一种新的语法描述了复杂疾病的基因表，例如，一个由200个基因组成的基因列表在30%的研究复杂疾病中存在差异表达。使用DECD分析结果，用户可以根据共享的特征找到受相同机制影响的患者。

作者:郭峰孟

维护人员:Guofeng孟

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DEComplexDisease")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DEComplexDisease”)

PDF		DEComplexDisease:用于DE分析的R包
超文本标记语言	R脚本	DEComplexDisease:用于DE分析的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DNASeq，DifferentialExpression，FunctionalGenomics，GeneExpression，软件，WholeGenome
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.3.3)
进口	Rcpp(> = 0.12.7),DESeq2，刨边机，SummarizedExperiment，ComplexHeatmap，网格，平行，BiocParallel， grDevices，图形，统计，方法，utils
链接	Rcpp
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	DEComplexDisease_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	DEComplexDisease_1.8.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DEComplexDisease_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEComplexDisease
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEComplexDisease
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEComplexDisease/
软件包下载报告	下载数据