DESeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq

该软件包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DESeq．

基于负二项分布的差异基因表达分析

Bioconductor版本:3.11

估计来自高通量测序分析的计数数据的方差-均值依赖性，并基于使用负二项分布的模型测试差异表达

作者:Simon Anders, EMBL Heidelberg

维护者:Simon Anders

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“DESeq”)

PDF	R脚本	使用“DESeq”软件包分析RNA-Seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialExpression，ImmunoOncology，RNASeq，圣人，测序，软件
版本	1.39.0
在Bioconductor中	BioC 2.6 (R-2.11)(10.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase(> = 2.21.7),locfit，晶格
进口	genefilter，geneplotter、方法、质量，RColorBrewer
链接
建议	pasilla(> = 0.2.10),vsn，gplots
SystemRequirements
增强了
URL	http://www-huber.embl.de/users/anders/DESeq
这取决于我	DBChIP，埃达，metaseqR，Polyfit，SeqGSEA，移行细胞癌，tRanslatome
进口我	APAlyzer，ArrayExpressHTS，DEsubs，easyRNASeq，EDASeq，埃达，gCMAP，HTSFilter，metaseqR2，rnaSeqMap，scGPS，火神
建议我	BitSeq，compcodeR，dexus，DiffBind，肘，计，genefilter，IHWpaper，适当的，regionReport，SSPA，ToPASeq，XBSeq
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	DESeq_1.39.0.tar.gz
Windows二进制	DESeq_1.39.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/DESeq
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/DESeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DESeq/
软件包下载报告	下载数据