服饰

DOI:10.18129 / B9.bioc.DepecheR

该软件包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见服饰．

在高维实体中集群的基本表型要素的测定

Bioconductor版本:3.11

这个包的目的是识别数据集中可以分离组的特征。这在两个层面上完成。首先，使用稀疏K-means实现进行聚类。其次，根据个体在不同聚类中的观测分布，利用生成的聚类预测个体群体的结果。由于将识别具有分离信息的某些聚类，并且这些聚类由稀疏数量的变量定义，因此该方法可以降低数据的复杂性，只强调实际重要的数据。

作者:Jakob theorll [aut, cre]， Axel theorll [aut]

维护者:Jakob theorll < Jakob。我在ndcn.ox.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DepecheR")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(服饰)

超文本标记语言	R脚本	使用DepecheR进行细胞术数据分析的例子
超文本标记语言	R脚本	使用groupProbPlot绘图功能进行单格概率显示
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays，分类，聚类，DataRepresentation，DifferentialExpression，DimensionReduction，FeatureExtraction，FlowCytometry，ImmunoOncology，RNASeq，SingleCell，软件，转录，转录组，可视化
版本	1.4.1
在Bioconductor中	BioC 3.9 (R-3.6)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	ggplot2(> = 3.1.0),质量(> = 7.3.51),Rcpp(> = 1.0.0),dplyr(> = 0.7.8),gplots(> = 3.0.1),冬青(> = 0.5.1),foreach(> = 1.4.4),doSNOW(> = 1.0.16),matrixStats(> = 0.54.0),mixOmics(> = 6.6.1),时刻(> = 0.14), grDevices(> = 3.5.2),图形(> = 3.5.2),数据(> = 3.5.2),跑龙套(> = 3.5)、方法(> = 3.5),并行(> = 3.5.2),reshape2(> = 3),beanplot(> = 1.2),模糊神经网络(> = 1.1.3),robustbase(> = 0.93.5)
链接	Rcpp，RcppEigen
建议	Rtsne，testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我	flowSpecs
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	DepecheR_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	DepecheR_1.4.1.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DepecheR_1.4.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/DepecheR
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/DepecheR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DepecheR/
软件包下载报告	下载数据