FunciSNP

DOI:10.18129 / B9.bioc.FunciSNP

该软件包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见FunciSNP。

整合功能非编码数据集与遗传关联研究鉴定候选调控snp

Bioconductor版本:3.11

FunciSNP整合了GWAS、1000基因组和染色质特征信息，用于识别编码区或非编码区功能性SNP。

作者:Simon G. Coetzee Simon at simoncoetzee.com>和Houtan Noushmehr, PhD < Houtan at usp.br>

维护者:Simon G. Coetzee < Simon at simoncoetzee.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("FunciSNP")

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文档

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browseVignettes(“FunciSNP”)

PDF	R脚本	FunciSNP装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DataImport，DataRepresentation，基础设施，SequenceMatching，软件
版本	1.32.0
在Bioconductor中	BioC 2.11 (R-2.15)(8年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 2.14.0)，ggplot2，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，FunciSNP.data
进口	方法,BiocGenerics，Biobase，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，Rsamtools(> = 1.6.1),rtracklayer(> = 1.14.1),ChIPpeakAnno(> = 2.2.0),VariantAnnotation，plyr，snpStats，ggplot2(> = 0.9.0),重塑(> = 0.8.4),尺度
链接
建议	org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了	平行
URL	http://coetzeeseq.usc.edu/publication/Coetzee_SG_et_al_2012/
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	FunciSNP_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	FunciSNP_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	FunciSNP_1.32.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/FunciSNP
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/FunciSNP
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/FunciSNP/
软件包下载报告	下载数据