KnowSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.KnowSeq

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见KnowSeq．

KnowSeq R/Bioc包:超越传统的转录组学管道

Bioconductor版本:3.11

KnowSeq提出了一种新的方法，包括转录组基因表达分析中最相关的步骤。KnowSeq有望成为一种综合工具，可以处理和提取相关的生物标记物，并通过机器学习方法对其进行评估。最后，KnowSeq的最后一个目标是从生物标记物中提取生物学知识(基因本体富集、路径列表和可视化以及与所处理疾病相关的证据)。尽管该包允许手动分析所有数据，但KnowSeq的主要优势是可以执行自动和智能的HTML报告，将所有涉及的步骤收集到一个文档中。重要的是要强调管道是完全模块化和灵活的，因此它可以从任何不同的步骤开始。KnowSeq有望成为一种新颖的工具，帮助该领域的专家获得可靠的知识和结论，用于研究数据和疾病。

作者:Daniel Castillo-Secilla, Juan Manuel Galvez, Francisco Carrillo-Perez, Marta Verona-Almeida, Daniel Redondo Sanchez, Francisco Manuel Ortuno, Luis Javier Herrera和Ignacio Rojas。

维护者:Daniel Castillo-Secilla <套在ugr.es>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“KnowSeq”)

超文本标记语言	R脚本	KnowSeq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，BatchEffect，分类，DataImport，DifferentialExpression，FeatureExtraction，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，ImmunoOncology，微阵列，归一化，通路，预处理，质量控制，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.2.2
在Bioconductor	bio3.10 (R-3.6)(1年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 4.0)，cqn(> = 1.28.1)
进口	stringr，kernlab，ggplot2(> = 3.3.0),rlist，rmarkdown，reshape2，gplots，脱字符号，XML，类，标明的，R.utils，e1071，randomForest，httr，jsonlite，股东价值分析(> = 3.30.1),刨边机(> = 3.24.3),limma(> = 3.38.3),Biobase，乘，pathview(>= 1.22.3)， grDevices，图形，统计，utils，Hmisc(> = 4.4.0),gridExtra
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	KnowSeq_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	KnowSeq_1.2.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	KnowSeq_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KnowSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/KnowSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/KnowSeq/
软件包下载报告	下载数据