Linnorm

DOI:10.18129 / B9.bioc.Linnorm

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Linnorm．

基于线性模型和正态性的归一化和变换方法(Linnorm)

Bioconductor版本:3.11

Linnorm是一种用于规范化和转换RNA-seq，单细胞RNA-seq, ChIP-seq计数数据或任何大规模计数数据的算法。已经由Tian等人在Nature Methods (https://doi.org/10.1038/s41592-019-0425-8)上独立审阅过。Linnorm可以使用原始计数，CPM, RPKM, FPKM和TPM。

作者:叶顺杭，王潘文， Jean-Pierre Kocher ， Pak Chung Sham ，王君文<君文at uw.edu>

维护者:Ken Shun Hang Yip

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Linnorm")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“Linnorm”)

PDF	R脚本	Linnorm用户手册
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BatchEffect，ChIPSeq，聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，遗传学，ImmunoOncology，网络，归一化，PeakDetection，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录
版本	2.12.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.4)
进口	Rcpp(> = 0.12.2),RcppArmadillo(> = 0.8.100.1.0),fpc，素食主义者，mclust，apcluster，ggplot2，椭圆，limma跑龙套,statmod，质量，igraphgrDevices图形,fastcluster，ggdendro，动物园统计数据,北极监测和评估方案，Rtsne，gmodels
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，gplots，RColorBrewer，时刻，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1093/nar/gkx828
取决于我
进口我	mnem
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Linnorm_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	Linnorm_2.12.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	Linnorm_2.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Linnorm
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Linnorm
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Linnorm/
包下载报告	下载数据