MAGeCKFlute

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAGeCKFlute

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MAGeCKFlute．

聚合CRISPR功能遗传筛选的综合分析管道

Bioconductor版本:3.11

CRISPR (clustered regularly interspaced short palindrome repeats)结合核酸酶Cas9 (CRISPR/Cas9)筛选是一种有前途的系统评估基因功能的技术。CRISPR/Cas9筛选的数据分析是一个关键过程，包括识别筛选结果并在下游分析中探索这些筛选结果的生物学功能。我们之前开发了两种算法MAGeCK和MAGeCK- vispr，用于分析各种场景下的CRISPR/Cas9筛选数据。这两种算法允许用户进行质量控制，读取计数生成和归一化，并计算beta分数来评估基因选择性能。在下游分析中，为了了解这些鉴定基因的生物学功能，需要进行生物功能分析，以达到不同的筛选目的。在这里，我们开发了MAGeCKFlute来支持下游分析。MAGeCKFlute提供了几种策略来消除sgrna水平阅读计数和基因水平beta分数中的潜在偏差。该软件包的下游分析包括识别必需基因、非必需基因和靶相关基因，并对这些基因进行生物功能类别分析、途径富集分析和蛋白质复合物富集分析。该软件包还以多种方式可视化基因，使用户探索筛选数据受益。总的来说，MAGeCKFlute能够准确识别必需基因、非必需基因和靶向基因，以及它们相关的生物学功能。 This vignette explains the use of the package and demonstrates typical workflows.

作者:王彬彬，张武兵，吴飞珍，李伟，X. Shirley Liu

维护者:Wubing Zhang

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")安装("MAGeCKFlute")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MAGeCKFlute”)

超文本标记语言	R脚本	MAGeCKFlute。限制型心肌病
超文本标记语言	R脚本	MAGeCKFlute_enrichment。限制型心肌病
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，CRISPR，FunctionalGenomics，GeneSetEnrichment，GeneTarget，KEGG，归一化，通路，PooledScreens，质量控制，软件，可视化
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (>= 3.5)
进口	clusterProfiler，剂量，enrichplot，gridExtra，biomaRt，股东价值分析，ggsci，ggplot2，ggrepel，ggpubr，data.table，pheatmap，png， grDevices, grid, stats, utils，dendextend，尺度，Biobase，msigdbr，KEGGgraph，KEGGREST，图、图形、pathview，XML
链接
建议	knitr，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	SpidermiR
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	MAGeCKFlute_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	MAGeCKFlute_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MAGeCKFlute_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAGeCKFlute
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MAGeCKFlute
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MAGeCKFlute/
软件包下载报告	下载数据