桅杆

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAST

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见桅杆．

基于模型的单细胞转录组学分析

Bioconductor版本:3.11

处理零膨胀单细胞实验数据的方法和模型。

作者:Andrew McDavid [aut, cre]， Greg Finak [aut]， Masanao Yajima [aut]

维护者:Andrew McDavid

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“桅杆”)

超文本标记语言	R脚本	MAST简介
超文本标记语言	R脚本	MAST和singlecellexperient派生包之间的互选性
超文本标记语言	R脚本	利用MAST在MAIT细胞中进行筛选、差异表达和基因集富集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,RNASeq,SingleCell,软件,转录组
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	SingleCellExperiment(>= 1.2.0)， r (>= 3.5)
进口	Biobase,BiocGenerics,S4Vectors,data.table,ggplot2,plyr,stringr,abind、方法、并行reshape2， stats, stats4, graphics, utils，SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正,进步
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,lme4(> = 1.0),blme,roxygen2(0 >),numDeriv,车,gdata,晶格,GGally,GSEABase,NMF,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,rsvd,limma,RColorBrewer,BiocStyle,嘘,DelayedArray,矩阵,HDF5Array,zinbwave,dplyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RGLab/MAST/
BugReports	https://github.com/RGLab/MAST/issues
取决于我
进口我	celaref,celda,singleCellTK
建议我	clusterExperiment
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MAST_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	MAST_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MAST_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAST
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/桅杆
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MAST/
包下载报告	下载数据