ProteoMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.ProteoMM

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ProteoMM。

蛋白质组学分析平台Multi-Dataset基于模型的微分表达式

Bioconductor版本:3.11

ProteoMM是统计方法来执行基于模型肽水平微分表达式分析单个或多个数据集。多个数据集ProteoMM产生一个褶皱变化和假定值为每个蛋白质跨多个数据集。ProteoMM提供功能正常化,缺失值归责和微分表达式。基于模型肽水平非难和微分表达式分析组件的包之前描述的分析”统计框架基于自下而上的女士的蛋白质定量蛋白质组学”(Karpievitch et al .生物信息学2009)。EigenMS正常化实现中描述“正常化的峰值强度自下而上MS-based使用奇异值分解蛋白质组学。”(Karpievitch et al. Bioinformatics 2009).

作者:Yuliya V Karpievitch,蒂姆·斯图尔特和Sufyaan穆罕默德

维护人员:Yuliya V Karpievitch < Yuliya。在gmail.com k >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ProteoMM”)

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文档

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HTML	R脚本	蛋白质组学平台Multi-Dataset基于模型的微分表达式
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,MassSpectrometry,归一化,蛋白质组学,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(2年)
许可证	麻省理工学院
取决于	R (> = 3.5)
进口	gdata,biomaRt,ggplot2,ggrepel,gtools统计数据,matrixStats、图形
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	ProteoMM_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	ProteoMM_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	ProteoMM_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ProteoMM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ProteoMM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ProteoMM/
包下载报告	下载数据