VariantAnnotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantAnnotation

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见VariantAnnotation．

遗传变异的注释

Bioconductor版本:3.11

注释变异，计算氨基酸编码变化，预测编码结果。

作者:Bioconductor Package Maintainer [aut, cre]， Valerie Oberchain [aut]， Martin Morgan [aut]， Michael Lawrence [aut]， Stephanie Gogarten [ctb]

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("VariantAnnotation")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“VariantAnnotation”)

PDF	R脚本	1.介绍VariantAnnotation
PDF	R脚本	2.使用filterVcf从VCF文件中选择变量
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细节

biocViews	注释，DataImport，遗传学，单核苷酸多态性，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.8.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.37.4),SummarizedExperiment(> = 1.9.9),Rsamtools(> = 1.99.0)
进口	跑龙套,DBI，zlibbioc，Biobase，S4Vectors(> = 0.17.24),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),Biostrings(> = 2.47.6),AnnotationDbi(> = 1.27.9),rtracklayer(> = 1.39.7),BSgenome(> = 1.47.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3)
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings，Rhtslib
建议	RUnit，AnnotationHub，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SIFT.Hsapiens.dbSNP132，SIFT.Hsapiens.dbSNP137，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，snpStats，ggplot2，BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我	注释，cgdv17，CNVrd2，deepSNV，ensemblVEP，genotypeeval，HelloRanges，HTSeqGenie，MTseeker，myvariant，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，PureCN，R453Plus1Toolbox，RareVariantVis，Rariant，seqCAT，测序，SIFT.Hsapiens.dbSNP132，SIFT.Hsapiens.dbSNP137，签名者，SomaticSignatures，StructuralVariantAnnotation，VariantFiltering，变体，VariantTools，VariantToolsData
进口我	AllelicImbalance，APAlyzer，appreci8R，BadRegionFinder，BBCAnalyzer，biovizBase，biscuiteer，CNVfilteR，CopyNumberPlots，COSMIC.67，customProDB，DAMEfinder，decompTumor2Sig，DominoEffect，fcScan，FunciSNP，GA4GHclient，genbankr，GenomicFiles，GenVisR，ggbio，GGtools，gmapR，gQTLstats，gwasurvivr，icetea，igvR，karyoploteR，ldblock，MADSEQ，methyAnalysis，MMAPPR2，motifbreakR，MTseekerData，MutationalPatterns，PGA，scoreInvHap，SigsPack，SNPhood，systemPipeR，TitanCNA，TVTB，Uniquorn，VCFArray，XCIR，YAPSA，yriMulti
建议我	AnnotationHub，AshkenazimSonChr21，BiocParallel，cellbaseR，CrispRVariants，GenomicRanges，GenomicScores，GeuvadisTranscriptExpr，gwascat，GWASTools，omicsPrint，podkat，旅游房车，SeqArray，trackViewer，三人组，vtpnet
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	VariantAnnotation_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	VariantAnnotation_1.34.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	VariantAnnotation_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantAnnotation
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VariantAnnotation
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/VariantAnnotation/
包下载报告	下载数据