cTRAP

DOI:10.18129 / B9.bioc.cTRAP

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见cTRAP．

从差异基因表达数据识别候选因果扰动

Bioconductor版本:3.11

将差异基因表达结果与来自连通性图的已知细胞扰动(如基因敲除、过表达或小分子)的结果进行比较。这样的分析不仅可以推断所观察到的基因表达差异的分子原因，而且还可以确定可能驱动或恢复特定转录组改变的小分子。

作者:Bernardo P. de Almeida [aut]， Nuno Saraiva-Agostinho [aut, cre]， Nuno L. Barbosa-Morais [aut, lead]

维护者:Nuno Saraiva-Agostinho < nnodanielagostinho at gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("cTRAP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cTRAP”)

超文本标记语言	R脚本	cTRAP:从差异基因表达数据中识别候选因果扰动
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，通路，RNASeq，软件，转录组
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	biomaRt，cowplot，data.table，dplyr，fgsea，ggplot2，ggrepel、图形、httr，limma、方法、pbapply，R.utils，readxl，reshape2，rhdf5，尺度，统计，工具，效用
链接
建议	testthat，knitr，covr，rmarkdown，拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://nuno-agostinho.github.io/cTRAPhttps://github.com/nuno-agostinho/cTRAP
BugReports	https://github.com/nuno-agostinho/cTRAP/issues
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进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	cTRAP_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	cTRAP_1.6.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	cTRAP_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cTRAP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cTRAP
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/cTRAP/
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