customProDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.customProDB

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见customProDB．

根据NGS数据生成定制的蛋白质数据库，以RNA-Seq数据为重点，用于蛋白质组学搜索

Bioconductor版本:3.11

在基于质谱的蛋白质组学研究中，数据库搜索是应用最广泛的肽和蛋白质识别方法。我们之前的研究表明，由RNA-Seq数据衍生的样本特异性蛋白质数据库可以更好地接近样本中真实的蛋白质池，从而提高蛋白质识别。更重要的是，从RNA-Seq数据中识别出的单核苷酸变异、短插入和短删除以及新连接使蛋白质数据库更加完整和样本特异性。在这里，我们报告了一个R包customProDB，它可以方便地从RNA-Seq数据中生成用于蛋白质组学搜索的定制数据库。这项工作连接了基因组学和蛋白质组学研究，促进了跨组学数据集成。

作者:小菁王

维护人员:Xiaojing Wang

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“customProDB”)

PDF	R脚本	介绍customProDB
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，FunctionalGenomics，ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，RNASeq，单核苷酸多态性，测序，软件，转录
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.0.1),IRanges，AnnotationDbi，biomaRt(> = 2.17.1)
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),DBI，GenomeInfoDb，GenomicRanges，Rsamtools(> = 1.10.2),GenomicAlignments，Biostrings(> = 2.26.3之前),GenomicFeatures(> = 1.32.0),stringr，RCurl，plyr，VariantAnnotation(> = 1.13.44),rtracklayer，RSQLite，AhoCorasickTrie、方法
链接
建议	RMariaDB，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	PGA
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	customProDB_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	customProDB_1.28.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	customProDB_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/customProDB
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ customProDB
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/customProDB/
包下载报告	下载数据