gCMAPWeb

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCMAPWeb

此包适用于Bioconductor的3.11版本。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见gCMAPWeb．

一个用于基因集富集分析的web界面

Bioconductor版本:3.11

gCMAPWeb R包为gCMAP包提供了图形用户界面。gCMAPWeb使用Rook包，可以在本地机器上使用，利用R的内部web服务器，也可以运行在专用的rApache web服务器安装上。gCMAPWeb允许用户搜索他们自己的数据源，包中包含从公共存储库生成参考数据集的指令。这个包支持三种常见的分析类型，特别是使用1的查询。一组或两组查询基因标识符，其成员被期望以一致的方向显示基因表达的变化。例如，上调的基因集可能包含由转录因子激活的基因，而下调的基因集则靶向由相同因子抑制的基因。2.查询基因标识符的单一集合，其成员被期望显示发散的差异表达(非定向查询)。例如，某一特定信号通路的成员，在对刺激的反应中，其中一些可能上调，一些可能下调。3. a query with the complete results of a differential expression profiling experiment. For example, gene identifiers and z-scores from a previous perturbation experiment. gCMAPWeb accepts three types of identifiers: EntreIds, gene Symbols and microarray probe ids and can be configured to work with any species supported by Bioconductor. For each query submission, significantly similar reference datasets will be identified and reported in graphical and tabular form.

作者:托马斯Sandmann

维护者:Thomas Sandmann < Sandmann。在gmail.com t >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“gCMAPWeb”)

PDF	R脚本	gCMAPWeb配置
PDF	R脚本	重新创建广义连接性映射v1
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GUI，GeneExpression，GeneSetEnrichment，微阵列，软件，转录，可视化
版本	1.27.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase，gCMAP(>= 1.3.0)，方法，R (>= 3.4)，车
进口	酿造，BiocGenerics，注释，AnnotationDbi、图形、grDevicesGSEABase，hwriter，并行，统计，效用，yaml
链接
建议	affy，ArrayExpress，hgfocus.db，hgu133a.db，mgug4104a.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，RUnit
SystemRequirements
增强了	bigmemory，bigmemoryExtras
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	gCMAPWeb_1.27.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCMAPWeb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gCMAPWeb
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/gCMAPWeb/
包下载报告	下载数据