girafe

DOI:10.18129 / B9.bioc.girafe

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见girafe．

功能探索的基因组间隔和Read对齐

Bioconductor版本:3.11

“girafe”包处理从下一代测序数据中对齐读取的基因组级表示。它包含一个对象类，用于启用基因组间隔的详细描述和对齐读取，以及比较、可视化、导出和使用这些间隔和对齐读取的函数。因此，该包与软件包ShortRead、IRanges和genomeinterval之间交互并提供链接。

作者:Joern Toedling，由Constance Ciaudo, Olivier Voinnet, Edith Heard, Emmanuel Barillot和Wolfgang Huber贡献

维护者:J. Toedling

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("girafe")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“girafe”)

PDF	R脚本	用于功能探索的基因组间隔和读取校准
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	测序，软件
版本	1.40.0
在Bioconductor公司	BioC 2.6 (R-2.11)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.13.8),S4Vectors(> = 0.17.25),Rsamtools(> = 1.31.2),时间间隔(> = 0.13.1),ShortRead(> = 1.37.1),genomeIntervals(>= 1.25.1)，网格
进口	方法,Biobase，Biostrings(>= 2.47.6)，图形，grDevices, stats, utils，IRanges(> = 2.13.12)
链接
建议	质量，org.Mm.eg.db，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了	genomeIntervals
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	girafe_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	girafe_1.40.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	girafe_1.40.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/girafe
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/girafe
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/girafe/
软件包下载报告	下载数据