minfi

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见minfi．

分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列

Bioconductor版本:3.11

分析和可视化Illumina Infinium甲基化阵列的工具。

作者:Kasper Daniel Hansen [cre, aut]， Martin Aryee [aut]， Rafael A. Irizarry [aut]， Andrew E. Jaffe [ctb]， Jovana Maksimovic [ctb]， E. Andres Houseman [ctb]， Jean-Philippe Fortin [ctb]， Tim Triche [ctb]， Shan V. Andrews [ctb]， Peter F. Hickey [ctb]

维护人员:Kasper Daniel Hansen

引用(从R中，输入引用(“minfi”))：

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager" BiocManager::install("minfi")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“minfi”)

超文本标记语言	R脚本	minfi用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,ImmunoOncology,MethylationArray,微阵列,多通道,归一化,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.1.6),Biostrings,bumphunter(> = 1.1.9)
进口	S4Vectors,GenomeInfoDb,Biobase(> = 2.33.2),IRanges,beanplot,RColorBrewer,晶格,nor1mix,siggenes,limma,preprocessCore,illuminaio(> = 0.23.2),DelayedMatrixStats(> = 1.3.4),mclust,genefilter,nlme,重塑,质量,quadprog,data.table,GEOquery，统计，grDevices，图形，utils，DelayedArray(> = 0.9.8),HDF5Array,BiocParallel
链接
建议	IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),minfiData(> = 0.18.0),minfiDataEPIC,FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),RUnit,消化,BiocStyle,knitr,rmarkdown、工具
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hansenlab/minfi
BugReports	https://github.com/hansenlab/minfi/issues
取决于我	bigmelon,冠军,compartmap,conumee,DMRcate,FlowSorted.Blood.450k,FlowSorted.Blood.EPIC,FlowSorted.CordBlood.450k,FlowSorted.CordBloodCombined.450k,FlowSorted.CordBloodNorway.450k,FlowSorted.DLPFC.450k,IlluminaHumanMethylation27kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation27kmanifest,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b3.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,methylationArrayAnalysis,methylumi,methyvimData,minfiData,minfiDataEPIC,REMP,shinyMethyl
进口我	EnMCB,ENmix,funtooNorm,餐,肉,MethylAid,methylCC,methylumi,methyvim,missMethyl,quantro,skewr
建议我	brgedata,CopyNeutralIMA,epivizr,epivizrChart,哈曼,mCSEA,MultiDataSet,RnBeads,芝麻
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测在R会话中使用这个包的说明。

源包	minfi_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	minfi_1.34.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	minfi_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/minfi
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ minfi
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/minfi/
包下载报告	下载数据