甲基小姐
doi：10.18129/b9.bioc.missmethyl
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅甲基小姐。
分析Illumina人甲基化Beadchip数据
生物导体版本：3.11
归一化，测试差异性变异性以及差异甲基化以及基因集测试来自Illumina Infinium humbhymethylation阵列的数据。归一化过程是阵列内归一化（SWAN）的子集量子，它允许单个阵列上的Infinium I和II类型探针一起进行归一化。差异性可变性的测试基于莱文测试的经验贝叶斯版本。使用RUV进行差异甲基化测试，该测试可以通过使用阴性对照探针在高维数据中调整未知来源的系统误差。通过考虑阵列上的每个基因探针的数量来进行基因本体分析。
作者：Belinda Phipson和Jovana Maksimovic
维护人员：belinda phipson
引用（从r内，输入引用（“甲基小姐”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ missmethyl”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Missmethyl”）
| html | R脚本 | 甲基小姐：分析Illumina人甲基化Beadchip数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | DNAMETHYLATY，，，，差甲基化，，，，基因烯，，，，遗传因素，，，，基因组变量，，，，甲基化array，，，，正常化，，，，软件 |
| 版本 | 1.22.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（6年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | r（> = 3.6.0），Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19，，，，Illuminahumanmethylationepicanno.ILM10B4.HG19 |
| 进口 | AnnotationDbi，，，，偏见，，，，生物酶，，，，生物基因，，，，基因组机，，，，go.db，，，，Illuminahumanmethylation450Kmanifest，，，，Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19，，，，光照明甲基甲基化epicmanifest，，，，Illuminahumanmethylationepicanno.ILM10B4.HG19，，，，iranges，，，，林玛， 方法，甲基菌，，，，Minfi，，，，org.hs.eg.db，，，，鲁夫，，，，S4VECTORS，，，，Statmod，，，，Stringr，，，，总结性特征 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，EDGER，，，，尼特，，，，Minfidata，，，，rmarkDown，，，，Tweedeseqccountdata |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | 甲基化arrayAnalysy |
| 进口我 | 冠军，，，，dmrcate，，，，一顿饭，，，，甲基 |
| 建议我 | rnbeads |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Missmethyl_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Missmethyl_1.22.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | Missmethyl_1.22.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/missmethyl |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/missmethyl |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/missmethyl/ |
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