oposSOM

DOI:10.18129 / B9.bioc.oposSOM

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见oposSOM。

转录组数据综合分析

Bioconductor版本:3.11

该包将微阵列表达式数据转换为降维元数据。它提供了各种以样本为中心和以组为中心的可视化、样本相似性分析和功能丰富分析。底层SOM算法结合了特征聚类、多维缩放和降维，以及强大的可视化能力。它支持提取和描述数据中固有的函数表达式模块。

作者:Henry Loeffler-Wirth ， Hoang Thanh Le < Le at izbi.uni-leipzig.de>和Martin Kalcher

维护者:Henry Loeffler-Wirth

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“oposSOM”)

PDF	R脚本	负鼠用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，软件，可视化
版本	2.6.0
在Bioconductor	bio3.0 (R-3.1)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.0)，igraph(> = 1.0.0)
进口	fastICA，tsne，scatterplot3d，象图，fdrtool，猿，biomaRt，Biobase，RcppParallel，Rcpp
链接	RcppParallel，Rcpp
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://som.izbi.uni-leipzig.de
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	oposSOM_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	oposSOM_2.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	oposSOM_2.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oposSOM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/oposSOM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/oposSOM/
软件包下载报告	下载数据