pcaExplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.pcaExplorer

该软件包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见pcaExplorer．

使用主成分方法的RNA-seq数据交互式可视化

Bioconductor版本:3.11

这个包提供了基于主成分分析的RNA-seq数据集的交互式可视化功能。提供的方法允许快速提取信息和有效的数据探索。Shiny应用程序封装了整个分析。

作者:费德里科·马里尼[aut, cre]

维护人员:Federico Marini

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("pcaExplorer")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“pcaExplorer”)

超文本标记语言	R脚本	pcaExplorer用户指南
超文本标记语言	R脚本	启动并运行pcaExplorer
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DimensionReduction，GUI，ImmunoOncology，PrincipalComponent，质量控制，RNASeq，ReportWriting，软件，可视化
版本	2.14.2
在Bioconductor中	BioC 3.3 (R-3.3)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	DESeq2，SummarizedExperiment，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，genefilter，ggplot2(> = 2.0.0),的热图，情节，尺度，NMF，plyr，topGO，limma，GOstats，GO.db，AnnotationDbi，闪亮的(> = 0.12.0),shinydashboard，shinyBS，ggrepel，DT，shinyAce，threejs，biomaRt，pheatmap，knitr，rmarkdown，base64enc，tidyr， grDevices, methods
链接
建议	testthat，BiocStyle，气道，org.Hs.eg.db，htmltools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/federicomarini/pcaExplorerhttps://federicomarini.github.io/pcaExplorer/
BugReports	https://github.com/federicomarini/pcaExplorer/issues
这取决于我
进口我	理想的
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	pcaExplorer_2.14.2.tar.gz
Windows二进制	pcaExplorer_2.14.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	pcaExplorer_2.14.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/pcaExplorer
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/pcaExplorer
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pcaExplorer/
软件包下载报告	下载数据