食物

DOI:10.18129 / B9.bioc.scran

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见食物．

单细胞rna序列数据分析方法

Bioconductor版本:3.11

实现单细胞RNA-seq数据的低级分析功能。为细胞特异性偏差的规范化、细胞周期阶段的分配、高变量和显著相关基因的检测、标记基因的鉴定以及常规单细胞分析工作流程中的其他常见任务提供了方法。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Karsten Bach [aut]， Jong Kyoung Kim [ctb]， Antonio Scialdone [ctb]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scran")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“残渣”)

超文本标记语言	R脚本	使用scran分析scRNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，聚类，GeneExpression，ImmunoOncology，归一化，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment
进口	SummarizedExperiment，S4Vectors，IRanges，BiocGenerics，BiocParallel，Rcpp，统计，方法，utils，矩阵，嘘，刨边机，limma，BiocNeighbors，igraph，statmod，DelayedArray，DelayedMatrixStats，BiocSingular，dqrng
链接	Rcpp，beachmat，黑洞，dqrng
建议	testthat，BiocStyle，knitr，beachmat，HDF5Array，scRNAseq，dynamicTreeCut，DESeq2，单片眼镜，Biobase，pheatmap
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我
进口我	基础知识，celda，CiteFuse，scDblFinder，scDD，SingleCellSignalR
建议我	后面;，CellTrails，clusterExperiment，fcoex，HCAData，iSEEu，PCAtools，schex，司康饼，simpleSingleCell，单，飞溅，TabulaMurisData
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	scran_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	scran_1.16.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	scran_1.16.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scran
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scran
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scran/
软件包下载报告	下载数据