此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅soggi。
生物导体版本:3.11
SOGGI软件包提供了一种工具集来创建来自BAM和BAM和Bigwig文件以及PWM,RLELIST,GRANGES和GALIGNEMENT BIOCONDEMENTS BIOCONDUCTOR对象的信号或基序的基因组间隔聚合/摘要图。Soggi允许在摘要绘图对象和摘要之间以及通过Granges对象和用户提供的元数据对图进行分组和子集的标准化,转换和算术操作。使用GGPLOT2 LIBARY创建图,以允许用户定义的返回绘图对象的操作。结合在一起,soggi采用了一组广泛的方法,可以在基因组间隔(例如基因,超增强剂和转录因子结合事件)的背景下可视化基因组学数据。
作者:Gopuraja Dharmalingam,Doug Barrows,Tom Carroll
维护者:汤姆·卡罗尔(Tom Carroll)
引用(从r内,输入引用(“ soggi”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ soggi”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Soggi”)
R脚本 | soggi | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | chipseq,,,,覆盖范围,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.20.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.1(R-3.2)(5。5年) |
执照 | GPL(> = 3) |
要看 | r(> = 3.2.0),生物基因,,,,总结性特征 |
进口 | 方法,RESHAPE2,,,,GGPLOT2,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,生物弦,,,,rsamtools,,,,基因组签名,,,,rtracklayer,,,,预处理,,,,chipseq,,,,生物比较 |
链接 | |
建议 | 测试,,,,生物使用,,,,尼特 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | dchiprep,,,,profileplyr |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | soggi_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | soggi_1.20.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | soggi_1.20.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/soggi |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/soggi |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/soggi/ |
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