structToolbox

doi:10.18129/b9.bioc.StructToolbox

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅structToolbox

代谢组学和其他OMIC的数据处理和分析工具

生物导体版本:3.11

一组广泛的数据(预)处理和分析方法和代谢组学和其他OMICS的工具,并非常重视统计和机器学习。该工具箱允许用户构建广泛而标准化的工作流以进行数据分析。方法和工具已经使用结构提供的基于类的模板(使用基于类的模板中的统计信息)软件包实现。该工具箱包括预处理方法(例如信号漂移和批化校正,归一化,缺失的价值插图和缩放),单变量(例如,ttest,各种形式的ANOVA,KRUSKAL – WALLIS测试等)以及多变量统计方法(例如,PCA和PLS和PLS和PLS和PLS和PLS,包括交叉验证和置换测试)以及机器学习方法(例如支持向量机)。统计本体(Stato)已集成并实施,以为不同方法,输入和输出提供标准化的定义。

作者:Gavin Rhys Lloyd [Aut,Cre],Ralf Johannes Maria Weber [AUT]

维护者:Gavin Rhys Lloyd

引用(从r内,输入引用(“ structToolbox”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ structToolbox”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ structToolbox”)

html R脚本 使用structToolbox的代谢组学和其他OMIC数据集的数据分析
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 代谢组学,,,,软件,,,,工作流程
版本 1.0.1
在生物导体中 Bioc 3.11(R-4.0)(0.5岁)
执照 GPL-3
要看 r(> = 4.0),结构(> = 0.99.10)
进口 GGPLOT2,,,,ggthemes, 网格,栅格, 方法,,,,,sp,统计
链接
建议 农业,,,,Biocfilecache,,,,生物使用,,,,,,,,COVR,,,,牛仔图,,,,E1071,,,,Emmeans,,,,ggdendro,,,,尼特,,,,魔术,,,,nlme,,,,OpenXLSX,,,,,,,,PMP,,,,RESHAPE2,,,,ropls,,,,rmarkDown,,,,RTSNE,,,,测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 structToolbox_1.0.1.tar.gz
Windows二进制 structToolbox_1.0.1.zip
MacOS 10.13(高山脉) structToolbox_1.0.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/StructToolbox
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/structtoolbox
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/Structtoolbox/
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