tRanslatome

DOI:10.18129 / B9.bioc.tRanslatome

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见tRanslatome．

多水平基因表达的比较

Bioconductor版本:3.11

在不同水平的基因表达(转录组、翻译组、蛋白质组)中，通过比较两种生物条件(处理与未处理、患病与正常、突变与野生型)，使用几种统计方法:秩乘积、翻译效率、t检验、Limma、ANOTA、DESeq、edgeR。用散点图、直方图、MA图、标准差(SD)图、变异系数(CV)图绘制结果的可能性。检测显著丰富的转录后调节因子(rbp, miRNAs等)和基因本体术语在之前确定的两个表达水平的DEGs列表中。比较仅在一种或两种水平上丰富的氧化石墨烯术语。计算来自两个表达层次的丰富GO术语列表之间的语义相似度得分。用热图、雷达图和巴氏图对丰富术语进行目视检查和比较。

作者:Toma Tebaldi, Erik Dassi, Galena Kostoska

维护者:Toma Tebaldi < science.unitn的Tebaldi。它>，埃里克·达西<埃里克。达西在unit, it>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("tRanslatome")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“tRanslatome”)

PDF	R脚本	tRanslatome
PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学,CellBiology,DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneRegulation,HighThroughputSequencing,微阵列,MultipleComparisons,质量控制,监管,软件
版本	1.26.0
在Bioconductor公司	BioC 2.13 (R-3.0)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 2.15.0)，方法，limma,sigPathway,anota,DESeq,刨边机,RankProd,topGO,org.Hs.eg.db,GOSemSim,Heatplus,gplots,plotrix,Biobase
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	tRanslatome_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	tRanslatome_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	tRanslatome_1.26.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/tRanslatome
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tRanslatome
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/tRanslatome/
软件包下载报告	下载数据