Single.mTEC.Transcriptomes

DOI:10.18129 / B9.bioc.Single.mTEC.Transcriptomes

该软件包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Single.mTEC.Transcriptomes．

小鼠mTEC细胞的单细胞转录组数据和分析

Bioconductor版本:3.11

该数据包包含用于分析单细胞RNA-seq和大量ATAC-seq数据的代码，这些数据来自标题为:单细胞转录组分析揭示了胸腺髓样上皮细胞中协调异位基因表达模式。论文发表于Nature Immunology杂志2015年第16,933-941期。本包中提供的数据对象已经过预处理:原始数据文件可从ArrayExpress下载，登录标识为E-MTAB-3346和E-MTAB-3624。这个数据包的小插图提供了一个文档化的和可重复的工作流，其中包括用于从手稿中生成每个统计数据和图形的代码。

作者:Alejandro Reyes

维护者:Alejandro Reyes < Alejandro。雷耶斯在安布尔。de b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Single.mTEC.Transcriptomes")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“Single.mTEC.Transcriptomes”)

PDF	R脚本	单细胞mTEC数据分析。
PDF		参考手册

细节

biocViews	ExperimentData
版本	1.16.0
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.5.0)
进口
链接
建议	DESeq2，GenomicRanges，GenomicFeatures，genefilter，statmod，gdata，RColorBrewer，ggplot2，gplots，集群，线索、网格gridExtra，ggbio，Gviz，geneplotter，matrixStats，pheatmap，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	Single.mTEC.Transcriptomes_1.16.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Single.mTEC.Transcriptomes
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/Single.mTEC.Transcriptomes
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Single.mTEC.Transcriptomes/
软件包下载报告	下载数据