裂变

doi:10.18129/b9.bioc.fission

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅裂变

Leong等人,Nat Commun,2014年,触发裂变酵母的时间疗程RNA-seq的范围。

生物导体版本:3.11

该软件包为时间过程中的读取计数提供了一个远程膜的透明度对象,以响应于0、15、30、60、60、120和180分钟的氧化应激(1M山梨糖醇处理)的裂变酵母(schizosacachomyces pombe)。样品进一步分配在野生型组和删除ATF21的基团之间。读数计数矩阵是由研究作者准备并提供的:Leong HS,Dawson K,Wirth C,Li Y,Connolly Y,Smith DL,Wilkinson CR,Miller CJ。“全球非编码RNA系统可根据应力调节裂变酵母蛋白水平”。Nat Commun 2014 5月23日; 5:3947。PMID:24853205。GEO:GSE56761。

作者:迈克尔·洛夫

维护者:迈克尔·洛夫(Michael Love)

引用(从r内,输入引用(“裂变”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ fission”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“裂变”)

html R脚本 裂变酵母时间课程
PDF 参考手册

细节

生物浏览 实验数据,,,,地理,,,,基因组,,,,rnaseqdata,,,,saccharomyces_cerevisiae_data,,,,序列数据
版本 1.8.0
执照 LGPL
要看 r(> = 2.10),总结性特征
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建议 尼特
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取决于我 rnaseqgene,,,,Rocpai
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 fission_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉)
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fission
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/裂变
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/fession/
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