甲基化arrayAnalysy
doi：10.18129/b9.bioc.methylationararayanalysy
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅甲基化arrayAnalysy。
用于分析甲基化阵列数据的交叉包装生物导体工作流程。
生物导体版本：3.11
已知人类基因组中的甲基化与发育和疾病有关。迄今为止，光明无甲基化阵列是审查甲基化跨基因组的最常见方法。该生物导体工作流使用多个软件包来分析甲基化阵列数据。具体而言，我们证明了典型的差分甲基化分析管道中涉及的步骤，包括：质量控制，过滤，标准化，数据探索和探针差分甲基化的统计测试。我们进一步概述了其他分析，例如区域的差异甲基化，差异性分析，估计细胞类型组成和基因本体学测试。最后，我们提供了一些如何可视化甲基化阵列数据的示例。
作者：Jovana Maksimovic [AUT，CRE]
维护者：jovana maksimovic
引用（从r内，输入引用（“甲基化arrayanalysis”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“甲基化arrayanalysis”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“甲基化arrayanalysis”）
| html | R脚本 | 用于分析甲基化阵列数据的交叉包装生物导体工作流程 |
细节
| 生物浏览 | 表观遗传学，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.3.0），尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，林玛，，，，Minfi，，，，Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19，，，，Illuminahumanmethylation450Kmanifest，，，，rcolorbrewer，，，，甲基小姐，，，，矩阵，，，，Minfidata，，，，GVIZ，，，，dmrcate，，，，Stringr，，，，Flowsorted.blood.450k |
| 进口 | |
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包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | 甲基化arrayanalysis_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| MacOS 10.13（高山脉） | |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylationararayanalysis |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/甲基化arrayanalysis |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/MethylationArarayAnalyses/ |
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