ALDEx2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALDEx2

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ALDEx2。

考虑样本变异的差异丰度分析

Bioconductor版本:3.12

为比较两个或多个条件而进行的差异丰度分析。用于分析来自标准RNA-seq或元RNA-seq测定的数据以及来自体外序列选择的选定和未选定值。使用狄利克雷多项模型从计数中推断丰度，优化了三个或更多的实验重复。该方法根据Wilcoxon秩和检验和Welch's t检验(通过aldex.ttest)、Kruskal-Wallis检验(通过aldex.kw)、广义线性模型(通过aldex.glm)或相关性检验(通过aldex.corr)，推断生物和抽样变异以计算预期的错误发现率。所有检验报告p值，benjamin - hochberg修正了p值。

作者:Greg Gloor, Andrew Fernandes, Jean Macklaim, Arianne Albert, Matt Links, Thomas Quinn, Jia Rong Wu, Ruth Grace Wong, Brandon Lieng

维护者:Greg Gloor

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ALDEx2")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“ALDEx2”)

PDF	R脚本	用于高通量测序数据的anova样差异表达工具
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，ChIPSeq，DNASeq，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，RNASeq，测序，软件，转录组
版本	1.22.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	文件许可证
取决于	方法、统计数据zCompositions
进口	BiocParallel，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，SummarizedExperiment，乘
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc
BugReports	https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc/issues
这取决于我	omicplotR
进口我
建议我	propr
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	ALDEx2_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	ALDEx2_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ALDEx2_1.22.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ALDEx2
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/ALDEx2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ALDEx2/
软件包下载报告	下载数据