阿尔卑斯山

doi：10.18129/b9.bioc.alps

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅阿尔卑斯山。

表观基因组学数据的分析例程

生物导体版本：3.12

该软件包为全基因组的表观基因组学数据（例如组蛋白修改或转录因子chip-seq，atac-seq，dnase-seq等）提供了分析和出版质量可视化例程。软件包中的功能可以与任何类型的数据一起使用以任何分辨率代表大威格文件。阿尔卑斯山的目的是为大多数下游分析提供分析工具，而无需离开R环境，包装中的大多数工具都需要使用基本R，UNIX或Excel技能来准备的最小输入。

作者：Venu Thatikonda，NatalieJäger

维护者：gmail.com>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ alps”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“阿尔卑斯山”）

html	R脚本	阿尔卑斯山维格特
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	Atacseq，，，，chipseq，，，，表观遗传学，，，，历史化，，，，测序，，，，软件，，，，转录，，，，可视化
版本	1.4.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（1。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.6）
进口	断言，，，，生物比较，，，，Chipseeker，，，，Corrplot，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，基因组机，，，，ggally，，，，GeneFilter，，，，盖尔维斯，，，，GGPLOT2，，，，ggseqlogo，，，，GVIZ，，，，马格里特，，，，org.hs.eg.db，，，，plyr，，，，RESHAPE2，，，，rtracklayer，统计Stringr，，，，蒂布尔，，，，花花公子，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，UTILS
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，复杂的图像，，，，循环，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/itsvenu/alps
BugReports	https://github.com/itsvenu/alps/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	alps_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	alps_1.4.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	alps_1.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/alps
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/阿尔卑斯山
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/alps/
软件包下载报告	下载统计