意大利苦杏酒

DOI:10.18129 / B9.bioc.AMARETTO

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见意大利苦杏酒．

使用综合多组学分析和惩罚回归的调控网络推断和驱动基因评估

Bioconductor版本:3.12

整合越来越多的可用多组学癌症数据仍然是提高我们对癌症理解的主要挑战之一。主要的挑战之一是使用多组学数据来识别新的癌症驱动基因。我们开发了一种名为AMARETTO的算法，它整合了拷贝数、DNA甲基化和基因表达数据，通过分析癌症样本来识别一组驱动基因，并将它们与我们定义为模块的共表达基因簇联系起来。我们将AMARETTO应用于癌症环境中，以识别多个癌症部位的癌症驱动基因及其模块。AMARETTO捕获血管生成、细胞周期和EMT中丰富的模块，以及准确预测生存和分子亚型的模块。这使得AMARETTO能够识别指导典型癌症途径的新型癌症驱动基因。

作者:Jayendra Shinde, Celine Everaert, Shaimaa Bakr, Mohsen Nabian, Jishu Xu, Vincent Carey, Nathalie Pochet和Olivier Gevaert

维护者:Olivier Gevaert < Olivier。gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("AMARETTO")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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超文本标记语言	R脚本	1.介绍
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BatchEffect，贝叶斯，聚类，CopyNumberVariation，DataImport，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，DifferentialSplicing，ExonArray，GeneExpression，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，MethylationArray，MicroRNAArray，微阵列，MultipleComparison，网络，归一化，OneChannel，预处理，ProprietaryPlatforms，质量控制，RNASeq，回归，测序，软件，StatisticalMethod，TimeCourse，转录，TwoChannel，mRNAMicroarray
版本	1.6.0
在Bioconductor中	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	Apache License(== 2.0) +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)，嫁祸于，doParallelgrDevices,dplyr、方法、ComplexHeatmap
进口	callr(> = 3.0.0.9001),矩阵，Rcpp，BiocFileCache，DT，MultiAssayExperiment，circlize，curatedTCGAData，foreach，glmnet，httr，limma，matrixStats，readr，reshape2，宠物猫，rmarkdown，图形，网格，并行，统计，knitr，ggplot2，gridExtra,跑龙套
链接	Rcpp
建议	testthat，质量，knitr
SystemRequirements
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包档案

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源包	AMARETTO_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	AMARETTO_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	AMARETTO_1.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/AMARETTO
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/AMARETTO
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/AMARETTO/
软件包下载报告	下载数据