BiSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiSeq

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BiSeq．

处理和分析亚硫酸氢盐测序数据

Bioconductor版本:3.12

BiSeq包提供了有用的类和函数来处理和分析靶向亚硫酸氢盐测序(BS)数据，如简化表示亚硫酸氢盐测序(RRBS)数据。特别地，它实现了一种算法来检测差异甲基化区域(DMRs)。该包从一个或多个样本中获取已经对齐的BS数据。

作者:Katja Hebestreit, Hans-Ulrich Klein

维护者:Katja Hebestreit < Katja。Hebestreit在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BiSeq")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“BiSeq”)

PDF	R脚本	BiSeq介绍
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation，遗传学，MethylSeq，测序，软件
版本	1.30.0
在Bioconductor公司	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(>= 2.15.2)，方法，S4Vectors，IRanges(> = 1.17.24),GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 0.2.0),公式
进口	方法,BiocGenerics，Biobase，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，SummarizedExperiment，rtracklayer平行,betareg，lokern，公式，globaltest
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	RRBSdata
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	BiSeq_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	BiSeq_1.30.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BiSeq_1.30.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/BiSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiSeq . bat
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BiSeq/
软件包下载报告	下载数据