BioQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioQC

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见BioQC

检测基因组表达谱的组织异质性

Bioconductor版本:3.12

BioQC基于组织基因签名进行高通量表达数据的质量控制。它可以检测基因表达数据的组织异质性。核心算法是为高性能而优化的Wilcoxon-Mann-Whitney测试。

作者:Jitao David Zhang ,Laura Badi, Gregor Sturm, Roland Ambs

维护者:Jitao David Zhang

引用(来自R,输入引用(“BioQC”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BioQC")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“BioQC”)

超文本标记语言 R脚本 BioQC算法:加速Wilcoxon-Mann-Whitney测试
超文本标记语言 R脚本 BioQC:检测基因表达数据的组织异质性
超文本标记语言 R脚本 使用带有签名基因集的BioQC
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionGeneSetEnrichment质量控制软件StatisticalMethod
版本 1.18.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证 GPL (> = 3)
取决于 Biobase
进口 刨边机Rcpp、方法、统计、utils
链接 Rcpp
建议 testthatknitrrmarkdown晶格latticeExtrarbenchmarkgplotsgridExtraorg.Hs.eg.dbineqcovr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 BioQC_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 BioQC_1.18.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) BioQC_1.18.0.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/BioQC
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/BioQC
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/BioQC/
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