BioQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioQC

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BioQC。

检测基因组表达谱的组织异质性

Bioconductor版本:3.12

BioQC基于组织基因签名进行高通量表达数据的质量控制。它可以检测基因表达数据的组织异质性。核心算法是为高性能而优化的Wilcoxon-Mann-Whitney测试。

作者:Jitao David Zhang ，Laura Badi, Gregor Sturm, Roland Ambs

维护者:Jitao David Zhang

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BioQC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BioQC”)

超文本标记语言	R脚本	BioQC算法:加速Wilcoxon-Mann-Whitney测试
超文本标记语言	R脚本	BioQC:检测基因表达数据的组织异质性
超文本标记语言	R脚本	使用带有签名基因集的BioQC
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，质量控制，软件，StatisticalMethod
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	Biobase
进口	刨边机，Rcpp、方法、统计、utils
链接	Rcpp
建议	testthat，knitr，rmarkdown，晶格，latticeExtra，rbenchmark，gplots，gridExtra，org.Hs.eg.db，ineq，covr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	BioQC_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	BioQC_1.18.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	BioQC_1.18.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/BioQC
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/BioQC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BioQC/
软件包下载报告	下载数据