BitSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BitSeq

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BitSeq．

RNA-seq数据的转录表达推理和差异表达分析

Bioconductor版本:3.12

BitSeq包主要用于RNA-seq数据的转录本表达分析和差异表达分析，分两阶段进行。在第一阶段，它使用贝叶斯推理方法从单个RNA-seq实验推断单个转录本的表达。BitSeq的第二阶段包括转录本表达的差异表达分析。从多个条件的重复中提供表达估计，使用估计的Log-Normal模型推断条件平均转录本表达，并根据差异表达的可能性对转录本排序。

作者:彼得·格劳斯，安蒂·本克拉和马格努斯·拉特雷

维护者:Antti Honkela < Antti。honkela赫尔辛基。fi>， Panagiotis Papastamoulis < Papastamoulis at aueb.gr>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BitSeq")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“BitSeq”)

PDF	R脚本	BitSeq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，贝叶斯，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，转录
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (R-2.15)(9年)
许可证	艺术- 2.0 +文件许可证
取决于	Rsamtools(> = 1.99.3)
进口	S4Vectors，IRanges
链接	Rhtslib(> = 1.15.5)
建议	刨边机，DESeq，BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	BitSeq_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	BitSeq_1.34.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	BitSeq_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BitSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BitSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BitSeq/
包下载报告	下载数据