cnvranger

doi：10.18129/b9.bioc.cnvranger

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅cnvranger。

CNV范围的摘要和表达/表型关联

生物导体版本：3.12

CNVRANGER软件包实施了用于CNV分析的综合工具套件。这包括用于总结一个人群中各个CNV调用的功能，评估与功能基因组区域的重叠以及与基因表达和定量表型的关联分析。

作者：路德维希·盖斯特林格[AUT，CRE]，Vinicius Henrique da Silva [aut]，Marcel Ramos [CTB]，Levi Waldron [CTB]

维护者：hms.harvard.edu>的路德维格·盖斯林格

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cnvranger”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ cnvranger”）

html	R脚本	CNV范围的汇总和定量性状分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	库务，，，，差异性，，，，基因表达，，，，Genomewideassociation，，，，基因组变量，，，，微阵列，，，，rnaseq，，，，SNP，，，，软件
版本	1.6.1
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（2年）
执照	艺术2.0
要看	基因组机，，，，破烂的经历
进口	生物基因，，，，生物比较，，，，GDSARRAY，，，，GenomeInfodB，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，Snprelate，，，，总结性特征，，，，Data.Table，，，，EDGER，，，，GDSFMT，grdevices，格子，，，，林玛， 方法，plyr，，，，QQMAN，，，，Rappdirs，，，，RESHAPE2，统计，utils
链接
建议	AnnotationHub，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau6.masked，，，，生物使用，，，，复杂的图像，，，，GVIZ，，，，多亚sayExexperiment，，，，tcgautils，，，，策展，，，，Ensembldb， 网格，尼特，，，，区域人，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/cnvranger/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cnvranger_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	cnvranger_1.6.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	cnvranger_1.6.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cnvranger
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cnvranger
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/cnvranger/
软件包下载报告	下载统计