罗盘

doi：10.18129/b9.bioc.compass

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅罗盘。

单细胞的组合多功能性分析

生物导体版本：3.12

指南针是一个统计框架，可以对抗原特异性T细胞子集进行公正的分析。Compass使用贝叶斯分层框架对所有观察到的细胞吸烟进行建模，并选择最有可能是抗原特异性的，同时将经常在多参数空间中出现的小细胞计数正规化。该模型为每个细胞子集和每个样品提供了特异性的后验概率，可用于介绍受试者对外部刺激的免疫反应，例如感染或疫苗接种。

作者：Lynn Lin，Kevin Ushey，Greg Finak，Ravio Kolde（Pheatmap）

维护者：fhcrc.org>的Greg Finak

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ Compass”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“指南针”）

html	R脚本	罗盘
PDF	R脚本	SimpleCompass
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	流程仪，，，，免疫学，，，，软件
版本	1.28.0
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（7年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 3.0.3）
进口	方法，RCPP，，，，Data.Table，，，，rcolorbrewer，，，，秤， 网格，plyr，，，，尼特，，，，艾宾，，，，线索，grdevices，utils，pdist，，，，马格里特，，，，RESHAPE2，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，rlang，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，foreach，，，，结尾
链接	RCPP（> = 0.11.0）
建议	FlowWorkspace（> = 3.33.1），流核，，，，ncdfflow，，，，闪亮的，，，，测试，，，，DevTools，，，，FlowWorkspacedata，，，，GGPLOT2，，，，DOMC，，，，进步
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/rglab/compass/issues
取决于我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	compass_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	COMPASS_1.27.0.ZIP（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	COMPASS_1.28.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compass
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/指南针
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/compass/
软件包下载报告	下载统计