CRISPRseek

DOI:10.18129 / B9.bioc.CRISPRseek

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CRISPRseek．

CRISPR-Cas9基因组编辑系统中靶向导向rna的设计

Bioconductor版本:3.12

该软件包包括为CRISPR编辑系统寻找潜在的导向rna的功能，包括用于输入目标序列的Base Editor和Prime Editor，可选地过滤没有限制性内切酶切割位点或没有配对导向rna的导向rna，全基因组搜索脱靶，评分，排序，获取侧翼序列，并指示目标和脱靶是否位于外显子区域。潜在的引导rna用top5和topN脱靶总分、详细的topN错配位点、限制性内切酶切割位点和配对的引导rna进行标注。该包还输出了针对Cas9目标站点的索引及其频率。

作者:朱丽华朱丽华，Benjamin R. Holmes, Hervé Pagès，毛辉，Michael Lawrence, Isana Veksler-Lublinsky, Victor Ambros, Neil Aronin和Michael Brodsky

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。在umassmed.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CRISPRseek")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CRISPRseek”)

PDF	R脚本	CRISPRseek装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR，GeneRegulation，ImmunoOncology，SequenceMatching，软件
版本	1.30.1
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0.1)，BiocGenerics，Biostrings
进口	平行,data.table，seqinr，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges，BSgenome，BiocParallel，哈希、方法、网状，rhdf5
链接
建议	RUnit，BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	crisprseekplus
进口我	GUIDEseq，multicrispr
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	CRISPRseek_1.30.1.tar.gz
Windows二进制	CRISPRseek_1.30.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CRISPRseek_1.30.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CRISPRseek
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CRISPRseek
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CRISPRseek/
软件包下载报告	下载数据